Já ouviu falar de sequenciamento total do genoma? Esse estudo avalia o uso dessa tecnologia como uma ferramenta para auxiliar na compreensão dos padrões de transmissão de microrganismos multirresistentes e para melhorar a escolha das intervenções de controle e prevenção de infecções em hospitais.
Vigilância genômica de microrganismos multirresistentes
Acinetobacter baumannii multirresistente é um patógeno nosocomial associado a considerável morbimortalidade e que requer atenção também pela sua capacidade de sobrevivência em superfícies ambientais por longos períodos. Em particular, A. baumannii resistente a carbapenêmicos (CRAB) são um fator de preocupação, principalmente quando se trata de pacientes de UTI. Esse estudo foi realizado em um centro de cuidados de saúde que em maio de 2015 identificou um aumento de infecções por CRAB em sua UTI.
Devido ao aumento do número de infecções deu-se início a vigilância genômica com o objetivo de identificar possíveis rotas de transmissão nosocomial de CRAB. Além disso, os autores reportam a experiencia de combinar dados epidemiológicos e de sequenciamento total do genoma (Whole Genome Sequencing – WGS) para melhor compreender a transmissão e guiar intervenções miradas de controle e prevenção de infecção.
Identificação dos CRABs e coleta de dados
O estudo foi realizado em um hospital universitário de 1700 leitos em Cingapura, entre 1º de maio e 2 de novembro de 2016. Foi realizada vigilância genômica prospectiva em todos os isolados clínicos de CRAB disponíveis juntamente com análise dos dados epidemiológicos. Foram incluídos também isolados históricos de CRAB, incluindo aqueles de um estudo realizado em 2015, para determinar possíveis relações genômicas.
Os isolados clínicos foram identificados como A. baumannii usando espectrometria de massa e todos os isolados foram testados para susceptibilidade. Foi então realizado o sequenciamento do genoma dos isolados e os clusters de transmissão foram definidos.
Dados demográficos e de movimentação dentro do hospital (enfermarias ocupadas, tempo de permanência e datas de transferência entre unidades) foram coletadas dos prontuários eletrônicos. O risco de transmissão de CRAB de cada paciente foi classificado em duas categorias: espaço-temporal (compartilhamento da mesma enfermaria ao mesmo tempo) ou apenas espacial (compartilhamento da mesma enfermaria em momentos diferentes). Além disso, o risco epidemiológico foi correlacionado com as análises genômicas para identificar possíveis oportunidades de transmissão horizontal entre esses pacientes.
Os resultados foram apresentados aos comitês de controle de infecções e da UTI do hospital e as ações de acompanhamento foram documentadas. As taxas de incidência de pacientes com culturas de CRAB positivas foram coletadas prospectivamente e as taxas de adesão as medidas de limpeza aprimoradas – como a desinfecção com vapor de peroxido de hidrogênio (HPV) – foram registradas pela equipe de IPC.
Transmissão de genes de resistência
Durante o período de estudo foi possível realizar WGS de 66 dos 141 isolados clínicos de CRAB. Além disso, foram incluídas 22 amostras históricas – 12 clínicas e 10 ambientais. Das 88 amostras submetidas a WGS, 83 foram concluídas com sucesso e incluídas na análise filogenética.
Foram identificados 5 clusters, compostas por 44 pacientes. A transmissão genômica pode ser justificada por sobreposição espaço-temporal em 12 pacientes e por apenas sobreposição espacial em 12 pacientes. As UTIs foram identificadas como o foco da transmissão e 1 dos clusters apresentou relação filogenética com uma amostra ambiental histórica, sugerindo a presença de reservatórios ambientais persistentes.
A discussão desses dados em reuniões multidisciplinares com foco em prevenção e controle de infecções levou a implementação de medidas miradas na higiene ambiental, incluindo o uso da desinfecção com vaporização de peróxido de hidrogênio dos leitos ocupados por pacientes positivos para CRAB e melhoria da adesão a higiene das mãos e as precauções de contato.
A ferramenta de sequenciamento total de genoma é útil?
Os autores concluem que o WGS é uma ferramenta útil para a caracterização de transmissões nosocomiais de microrganismos multirresistentes a drogas – já que fornece análises genômicas mais sensíveis, possui maior poder discriminatório e maior resolução taxonômica em relação a métodos tradicionais, permitindo uma caracterização mais precisa das relações entre as amostras. Ressaltam que a correlação filogenética entre as amostras bacterianas e as informações epidemiológicas permitiu a identificação de rotas de transmissão menos evidentes e melhorou a precisão das medidas de prevenção e controle de infecções implementadas.
Sendo assim defendem que, conforme as tecnologias de sequenciamento e as ferramentas analíticas se desenvolvem, – com melhores resultados, maior velocidade, e redução dos custos operacionais – o WGS pode ser utilizado com mais frequência para investigação e gerenciamento de surtos nosocomiais e até de outros patógenos endêmicos.
Quais as limitações do estudo?
Esse estudo possui algumas limitações. Primeiro, foi possível realizar WGS em menos da metade das amostras clínicas (46.1%). Segundo, apesar da identificação de relações espaço temporais entre isolados geneticamente relacionados, não foi possível demonstrar se a transmissão ocorreu de forma direta ou indireta entre os pacientes. Terceiro, em diversos casos não foram encontradas evidências de relação epidemiológica em amostras de um mesmo cluster genômico. Ressalta-se ainda que uma limitação de estudos de vigilância que incluem apenas pacientes com culturas positivas é a impossibilidade de detecção de assintomáticos/portadores, que podem ser um vetor para transmissão nosocomial. Por fim, apesar da desinfecção com vaporização de peroxido de hidrogênio aparentar ser inversamente relacionada a incidência de infecções por CRAB, essa relação não foi conclusiva devido aos diferentes fatores que podem ter levado a uma redução dos casos.
Resumidamente na nossa opinião, a tecnologia pode ser importante, mas a adesão às medidas básicas e o emprego da epidemiologia são essenciais e insubstituíveis como medidas de prevenção e controle.
Fonte: Ong, S. W. X., Rao, P., Khong, W. X., Ong, V. Y. F., Sridatta, P. S. R., Thevasagayam, N. M., Ho, B. C. H., Ang, B. S. P., De, P. P., Ng, O. T., & Marimuthu, K. (2023). Genomic surveillance uncovers ongoing transmission of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB) and identifies actionable routes of transmissions in an endemic setting. Infection control and hospital epidemiology, 44(3), 460–466.
Link: https://doi.org/10.1017/ice.2022.115
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Sinopse por: Maria Julia Ricci
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TAGs/palavras-chave: Acinetoobacter baumannii, infecção nosocomial, infecção hospitalar, resistência a carbapenêmicos, resistência à antibióticos, vigilância genômica, rotas de transmissão, sequenciamento total do genoma, whole genome sequencing, genética, controle de infecção, prevenção
